Sim, o cliente pode pedir o encerramento de sua conta mesmo não estando em sua agência de abertura da conta.
No momento da abertura de sua conta você escolhe a agência mais próxima para maior facilidade, porém, às vezes no momento de encerrar esta conta a agência antes escolhida pode não estar tão próxima assim.
Para que não tenha problemas com essas mudanças e alterações de endereços, os bancos liberam o encerramento em outra agência, desde que seja feita pelo seu titular e comprovada com documentos oficiais com foto.