Essa situação acontece muito quando o empregador é sócio de mais de uma empresa.
A grande verdade é que o simples fato de ser sócio das duas empresas não caracteriza a existência de um grupo empresarial.
Mas o que isso quer dizer?
Bom, na grande maioria dos casos, as empresas são pessoas jurídicas totalmente distintas, inclusive com CNPJ’s diferentes.
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Nessa situação, o correto seria que você tivesse dois contratos, por trabalhar nas duas empresas. Caso você seja apenas transferido, o contrato deverá ser alterado para constar o nome da nova empresa.